La configurazione di OpenSSL si attua normalmente attraverso il file openssl.cnf, che è posizionato nella directory /etc/ssl/. Osservandone il contenuto, si intuisce che il simbolo # serve a introdurre un commento, fino alla fine della riga relativa; inoltre si vede che le direttive del file sono degli assegnamenti a variabili, che se necessario si espandono con il prefisso $, e le direttive sono raggruppate in sezioni individuabili da un titolo tra parentesi quadre. È importante osservare che le sezioni sono organizzate in modo gerarchico, a partire dai nomi dei comandi di OpenSSL. In pratica, per il comando
si prende in considerazione la sezione [ req ], che può a sua volta richiamare altre sottosezioni.